ورثت جامعةُ الأزهر الجامعَ الأزهر الذي يعود تاريخه إلى العهد الفاطمي، حيث وضع جوهر الصقلي حجر الأساس، بأمر من الخليفة المعز لدين الله الفاطمي، في 14 من رمضان سنة 359هـ (971م)، وتم تخصيص الأزهر كمسجد رسمي أقامته الدولة منبرا لدعوتها الدينية ورمزا لسيادتها الروحية، وافتتح للصلاة لأول مرة في 5 من رمضان سنة 361 هـ. وسمي بالجامع الأزهر نسبة إلى السيدة فاطمة الزهراء رضي الله عنها والتي ينتسب إليها الفاطميون.
وقد كان الغرض من إنشائه في بداية الأمر الدعوة إلى المذهب الشيعي، ثم لم يلبث أن أصبح جامعة لنشر المذهب السني، يتلقي فيها طلاب العلم مختلف العلوم الدينية والعقلية، ويرجع الفضل في إسباغ الصفة التعليمية على الأزهر إلى الوزير يعقوب بن كلس، حيث أشار علي الخليفة العزيز سنة 378هـ بتحويله إلى معهد للدراسة، بعد أن كان مقصورًا على العبادات الدينية، ونشر الدعوة الشيعية.
وقد أقيمت الدراسة فعليًا بالجامع الأزهر في أواخر عهد المعز لدين الله الفاطمي، عندما جلس قاضي القضاة أبو الحسن بن النعمان المغربي سنة 365 هـ (أكتوبر 975م)، في أول حلقة علمية تعليمية، ثم توالت حلقات العلم بعد ذلك.
